本发明公开了一种电子系统在轨单粒子效应验证系统，包括空间环境探测器、FPGA控制器，FPGA控制器分别与两个以上被测电子系统和空间环境探测器相连；两个以上被测电子系统具备自检测功能，通过自检测统计由于单粒子效应引起的数据错误，并将统计的数据错误作为监测数据发送给FPGA控制器；同时两个以上被测电子系统将数据相互过程中由于单粒子效应引起的数据错误作为监测数据发送给FPGA控制器；空间环境探测器通过探测空间环境甄别出有效粒子事件，作为监测数据发送给FPGA控制器；通过对比被测电子系统和空间环境探测器发来的监测数据，确认产生数据错误的时刻是否发生了单粒子效应来进行单粒子效应验证。本发明能够实现电子系统单粒子效应在轨验证。

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