本发明公开了一种三维石墨烯的酶促降解方法及其应用。所述三维石墨烯的酶促降解方法包括：对三维石墨烯进行活化处理，从而至少在三维石墨烯的表面和所含孔洞的孔壁上形成活性官能团；利用所述的活性官能团至少在三维石墨烯的表面和所含孔洞的孔壁上形成不连续的亲水性修饰层；利用所述亲水性修饰层至少在三维石墨烯表面连接酶的还原底物，所述的酶能够降解碳材料；以及，利用所述的酶降解连接有所述还原底物的三维石墨烯。本发明的酶促降解方法仅需对三维石墨烯进行三级表面修饰，制作工艺更加简单，成本更低，所需时间较短，生物相容性较高，能够加快三维石墨烯在辣根过氧化物酶作用下的生物降解速率。

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