本发明提供了一种清洁制备酰基壳聚糖的方法，采用带有羧基化阳离子与氯离子构成离子液体的水溶液或采用氨基酸盐离子液体的水溶液作为反应介质，在常温常压下，将离子液体配成0.5％～20％浓度的水溶液，加入壳聚糖，再加入摩尔量为壳聚糖重复单元当量2～3倍的乙酸酐、邻苯二甲酸酐、丁二酸酐、马来酸酐、衣康酸酐中的一种反应6～15小时后，抽滤、干燥至恒重，得到白色或淡黄色粉末，即为目的产物酰基壳聚糖，将反应后的母液回收蒸出乙醇后，余下的离子液体溶液可多次重复使用。本发明克服了现有的酰基壳聚糖生产过程中溶剂易挥发、污染严重、不易回收的缺点，为酰化壳聚糖的生产提供了一条均相、环境友好的工艺路线。

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