本发明公开一种侧链含氟的二异氰酸酯及制备方法和在水性含氟聚氨酯中的应用。所述的侧链含氟的二异氰酸酯由6-10份的三羟甲基丙烷、100-120份的异佛尔酮二异氰酸酯、5-20份的2,2,2-三氟乙醇和0.06-1.8份的催化剂组成。其备方法即将三羟甲基丙烷在100~120℃、真空下搅拌脱水，氮气保护下加入异佛尔酮二异氰酸酯和0.03-0.9份催化剂，80~85℃下反应2~3h，加入2,2,2-三氟乙醇和剩余的催化剂，80~85℃下继续反应2~3h即得侧链含氟的二异氰酸酯。该侧链含氟的二异氰酸酯用于制备水性含氟聚氨酯，所得水性含氟聚氨酯柔韧、有弹性，具有较好的拉伸强度、断裂伸长率和对水的接触角。

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